参加了合作医疗和补充医疗保险的农民，如因病需住院治疗的，出院时先由本人垫付住院费用，在出院后一个月内凭住院发票、疾病诊断证明书、医嘱费用明细表、参加合作医疗及补充医疗保险的凭证到镇(街)合作医疗办，按程序办理报销手续。
合作医疗对住院费用给予报销，凡符合报销范围的住院费用，都按50%的比例报销，年内累计报销最高限额为2000元。 参加补充医疗保险的农民因病住院，其符合赔付范围的住院医疗费用，超过4000元以上的，均可按50%的比例赔付，年内累计最高赔付10000元。
既参加合作医疗又投保补充医疗保险的，凡符合报销范围的住院医疗费，都可获50%补助，报销和赔付的金额，合共最高12000元。合作医疗和补充医疗保险的报销或赔付范围相同。凡是正常医疗费用都符合范围，只是对因责任事故、个人违法违规(如吸毒、打架、性病等)、保健性项目、更换器官、整容、预防性治疗、非处方保健药品、生活服务项目以及故意拖延出院等发生的费用，不予报销和赔付。